MitoProteome Human Mitochondrial Protein Database

MitoProteome ist eine objektrelationale Datenbank für mitochondriale Gen-/Proteinsequenzen und ein Annotationssystem. Die erste Version (2004) enthielt 847 menschliche mitochondriale Proteinsequenzen, die aus öffentlichen Sequenzdatenbanken und massenspektrometrischen Analysen hochgereinigter menschlicher Herzmitochondrien stammen. Die humane MitoProteome-Datenbank wurde 2015 grundlegend überarbeitet. Das ursprüngliche protein-zentrierte System wurde durch eine gen-zentrierte Infrastruktur ersetzt. Zunächst wurden Mitochondrien-bezogene Gene (basierend auf der Kuration von NCBI-Entrez-Gen-Datensätzen, Gene-Ontology-Kategorien und UniProt-Annotationen) erfasst, dann wurden alle entsprechenden mRNA-Datensätze für Isoformen und Spleißvarianten jedes Gens sowie die Proteinsequenzen selbst gesammelt. Zusätzlich wurden alle Anmerkungen zur posttranslationalen Verarbeitung des interessierenden Genprodukts (z. B. die Entfernung von Peptidsequenzen, die von einem Apo-Protein zu einem reifen Protein führen, oder die Entfernung einer Targeting-Sequenz aus einem mitochondrialen Protein) erfasst. Dieser Ansatz ermöglicht einen Überblick über ein mitochondriales Gen von Interesse, in dem alle Isoformen (und Proteinsequenzen) zusammen aufgelistet sind (einschließlich Spleißvarianten in den 5- und 3-untranslatierten Regionen), zusammen mit den Proteinsequenzen und Anmerkungen zur posttranslationalen Verarbeitung. Darüber hinaus wurde ein neuer Abschnitt hinzugefügt, der Orthologe und Homologe der verwandten Proteine mit Links zu Daten und multiplen Alignments der Homogene-Ressource des NCBI und zu hierarchischen Ortholog-Informationen bei OrthoDB enthält. Die Datenerfassung und -verarbeitung erfolgte mit einer hauseigenen Software-Suite, die auf BioPython basiert und einen programmatischen Hochdurchsatz-Zugang zu wichtigen Datenquellen wie NCBI-Entrez und Uniprot ermöglicht. Die aktuelle Version von Mitoproteome (Feb. 2016) enthält Daten zu 1.705 Genen und 3.625 Proteinen.